Retour sur les premiers mois de la génomique

Depuis le mois de janvier dernier, les choses se sont accélérées pour la sélection Holstein. De jeunes taureaux testés sur ADN, issus des Etats-Unis et maintenant de France, sont disponibles sur le marché avec des index connus.

Qu'apportent ces taureaux novateurs ? Où en sont les index ? Quelles perspectives sont imaginables ? C'est le moment de faire l'état des lieux sur cette technologie et son utilisation !

Qu'apportent ces taureaux novateurs ?

Les 8 premiers taureaux américains disponibles en janvier dernier ont été rejoints par 8 autres géniteurs lors de la dernière indexation d'avril. Ces taureaux, testés sur ADN, représentent désormais 30% de la gamme GEN'France.

Il ressort plusieurs points importants :

          Des taureaux aux qualités affirmées

Les taureaux profilAdn prennent la tête de nos sélections « GEN' ». L'exemple type est celui de KOLTON  qui atteint les sommets de la sélection GEN'Show avec un index américain de +4.8 en Morphologie !

En insistant de manière plus prononcé sur les index adéquats à votre stratégie d'élevage, vous avancez plus vite dans la voie que vous avez choisit.

           Des taureaux très complets

Les taureaux testés sur ADN présentent donc des qualités affirmées sur certains postent. Ils ont également l'intérêt d'être relativement complet. Le taureau SUPER présente ce fait. Il s'agit d'un taureau performant en Fonctionnels avec +1.1 en Fertilité, +2.7 en Cellules et +6.8 en Longévité (tous ces index sont des index Américains). Le tout en cumulant +3.1 en Morphologie, +1749 en Lait et +0.01 en TP !

Les taureaux actuellement disponibles vous permettent d'insister sur les qualités qui vous importent le plus tout en limitant les impasses sur les autres caractères.

          Calcul des index

Il existe aujourd'hui trois niveaux d'information différents :

1. Grâce à la SAM (Sélection Assistée par Marqueurs), les taureaux profilAdn français sont testés sur 15 caractères. Leur fiabilité est notamment de 63% pour le Lait.

2. Les taureaux profilAdn américains sont identifiés sur l'ensemble des caractères de Production, Morphologie et Fonctionnels via la sélection Génomique. Leur niveau de fiabilité oscille autour de 70% en Production, 68% en Morphologie et 60% en Fonctionnels.

3. Les taureaux possédant à la fois un testage sur ADN et des premières filles de testage comme Super. Ainsi, la fiabilité de ce taureau atteint 85% en Production grâce à l'association des informations Ascendance, ADN et Filles de testage. Ses index Morphologie (CD 70%) et Fonctionnels (65%) sont basés, pour le moment, sur les informations Ascendance et ADN.

          Bilan

Les taureaux profilAdn sont, par leur cumul génétique supérieur, des taureaux présentant des index extrêmement intéressants, d'un niveau équivalent aux tout meilleurs taureaux testés sur filles. La méthode d'indexation est révolutionnaire. En revanche, elle ne change en rien la façon de lire et d'utiliser ces index. Ainsi, les taureaux génomiques permettent  d'accéder au TOP de la génétique actuelle à un prix plus que jamais abordable.

Où en sont les index?

Aux USA, les index génomiques sont utilisés à la fois pour déterminer la valeur des jeunes taureaux, mais également pour compléter l'information issue du testage sur filles des taureaux en possédant déjà.

En France, les index convertis pour les taureaux étrangers ne sont pas encore disponibles. L'organisme Interbull travaille pour convertir les index génomiques issus des différents pays*. Cela permettra de fournir des index pour les jeunes taureaux et ainsi leur donner une valeur génétique en France.  Les premières informations à ce sujet devraient être communiquées en août prochain. La mise en place d'un système de conversion tenant compte simultanément des informations Ascendance, ADN et filles est plus complexe à mettre en place et prendra plus de temps.

Quelles perspectives sont imaginables ?

Les possibilités permises par cette technologie sont nombreuses, on pense notamment à la recherche de nouveaux index. Cependant, la perspective immédiate correspond à l'accroissement de la fiabilité des index issus du testage sur ADN.

Une étude menée aux Etats-Unis** montre que cette amélioration passe avant tout par l'augmentation du nombre d'animaux génotypés pris en compte dans le modèle de prédiction. Aujourd'hui, environ 20000 bovins sont génotypés. Les données de 5 400 d'entre eux sont utilisées dans le modèle de prédiction Holstein. Les cartes de lecture de l'ADN sont actuellement composées de 54 000 marqueurs. L'utilisation d'une puce plus performante, basée sur 100 000 marqueurs permettrait un gain de seulement 2% de fiabilité. En revanche, l'accroissement du nombre de géniteurs pris en comptent dans le model de calcul des index à plus de 40 000 individus permettrait de dépasser les 80% de fiabilité !

Sources :

* Report from Interbull workshop on genomics, 2009. Paul VanRaden

**Reliability of genomic predictions for North American Dairy Bulls, 2009. Paul VanRaden1, Curt Van Tassell2, George Wiggans1, Tad Sonstegard2, Jeff O'Connell1, Bob Schnabel3, Jerry Taylor3, and Flavio Schenkel4, 1Animal Improvement Programs Lab and 2Bovine Functional Genomics Lab, USDA Agricultural Research Service, Beltsville, MD, USA, 3U. Missouri, Columbia, 4U. Guelph, ON, Canada